水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法於九十五年十月十六日發布迄今，歷經一百零一年之修正，已奠定水污染防治許可證（文件）之申請、變更及展延相關管制措施及審核基準。本次修正主要係因應水污染防治法（下稱本法）於一百零四年二月四日修正公布，配合調整排放許可證（文件）審查核發權限回歸直轄市、縣（市）主管機關；增列污染物揭露、風險評估與審核結果納入登記之許可管理程序；增列特殊情形操作模式與流程之彈性管理；增列水污染防治許可證（文件）與復工計畫資訊公開程序規定及將許可申請調整為全面網路化等規定。另基於水體保護管制需求，為降低農地污染，增訂應特予保護農地水體之排放總量管制區污染源許可管理，同時配合水污染防治措施及檢測申報管理辦法強化風險預防管理及減輕畜牧廢水污染之負荷，增列座標許可管理之規定及增訂畜牧糞尿經厭氧發酵產生之沼液、沼渣作為農地肥分資源化之許可管理規定。另依本法第十四條第三項及第二十條第二項之授權，將現行名稱「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」，修正為「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」（下稱本辦法），爰擬具本辦法修正條文